ACSUCYL realiza la evaluación de las solicitudes recibidas en la convocatoria a través de los siguientes órganos de evaluación:
El proceso de evaluación se inicia con una revisión individual de cada expediente por parte de los miembros del correspondiente Comité, en función del campo científico señalado en la solicitud.
Tras la fase de evaluación individual, el Comité realiza la revisión conjunta de cada solicitud, a partir de la cual se obtiene colegiadamente el Informe del Comité de Evaluación. Este Informe se eleva a la Comisión de Evaluación de Profesorado, quien revisa la totalidad de las solicitudes e informes de los Comités, para concluir en un Informe Final de Evaluación para cada expediente.
Como estipula el Código Ético de la Agencia, los miembros de los órganos de evaluación han de abstenerse de evaluar las solicitudes en las que participen directamente o en las que pueda producirse conflicto de intereses.