ACSUCYL realiza la evaluación de las solicitudes recibidas a través de los siguientes órganos de evaluación:
La Comisión de Evaluación de Profesorado es el órgano coordinador del proceso:
Los Paneles de Expertos están compuestos por dos evaluadores nombrados ad hoc para cada solicitud, en función del área del expediente a evaluar y pertenecientes a Universidades de fuera de Castilla y León.
El proceso de evaluación se inicia con una revisión individual de cada expediente por parte de los miembros del correspondiente Panel. Estos informes se elevan a la Comisión de Evaluación del Profesorado que, teniendo en consideración el juicio técnico de los expertos, emite el Informe Final de Evaluación para cada expediente.
Como estipula el Código Ético de la Agencia, los miembros de los órganos de evaluación han de abstenerse de evaluar las solicitudes en las que participen directamente o en las que pueda producirse conflicto de intereses.