ACSUCyL evalúa las solicitudes presentadas a esta convocatoria a través de su Comisión de Evaluación de la Investigación (CEI)  quien, a su vez, recaba la colaboración de expertos para la evaluación de los candidatos.

Cada candidato de las convocatorias de contratos postdoctorales es valorado por dos expertos en el campo de conocimiento donde se inserta su actividad investigadora. Estos expertos son nombrados por la Dirección de la Agencia, de entre los funcionarios doctores de los cuerpos docentes universitarios, no pertenecientes a las Universidades de Castilla y León, que posean al menos el reconocimiento de tres periodos de actividad investigadora. También pueden ser nombrados profesionales que, sin pertenecer a los cuerpos docentes universitarios, tengan una trayectoria investigadora, técnica y/o profesional de prestigio, y reúnan méritos relevantes en sus campos de investigación.

En el caso de la evaluación de los precandidatos a las plazas de ayudante doctor de la Universidad de Salamanca, solo interviene un experto externo, además de la CEI.  

Como estipula el Código Ético de la Agencia, los miembros de los órganos de evaluación han de abstenerse de evaluar las solicitudes en las que participen directamente o en las que pueda producirse conflicto de intereses.