La Comisión de Evaluación de la Investigación (CEI) es el órgano responsable de coordinar los procesos de evaluación de los proyectos y programas de investigación, y de emitir los informes finales de evaluación. Para la emisión de esto informes se apoya en informes previos elaborados por expertos en el tema del proyecto o de sus áreas o campos de conocimiento. Como norma general, cada proyecto es evaluado por dos expertos (“pares ciegos”), solo en el caso de que la ayuda o subvención que soliciten los proyectos sea igual o inferior a 12.000 euros, el proyecto es informado por un único experto.

La CEI podrá contar también con el apoyo de Coordinadores de Área, expertos cuya función es elaborar propuestas de informes de evaluación a partir de los informes de evaluación emitidos por los pares de expertos, cuando no existe un alto grado de coincidencia en sus informes. Su número puede ser variable, pero, como referencia, se establece un Coordinador por cada una de las áreas de evaluación que la ANEP tiene definidas.

En el caso proyectos de investigación pertenecientes a convocatorias centradas en el ámbito de un campo de conocimiento específico la CEI podrá apoyarse en uno o varios Comités de Evaluación que se constituirán en función de las especificidades, áreas o campos de conocimiento del proceso de evaluación a desarrollar. Estos Comités estarán presididos por un miembro de la CEI, y contarán con un mínimo de tres expertos. Y tienen como función elaborar una propuesta de informe de evaluación de los proyectos a partir de los informes emitidos por los expertos en la evaluación por “pares ciegos”.

Los expertos los nombra la Dirección de la Agencia y son, preferentemente, doctores de los cuerpos docentes universitarios cualquiera que sea su situación administrativa. También pueden serlo profesionales que, sin pertenecer a los cuerpos docentes universitarios, tengan una trayectoria investigadora, técnica y/o profesional de prestigio, y que reúnan méritos relevantes en los campos donde actúen como evaluadores.

En todo caso los expertos no pueden pertenecer a las Universidades de Castilla y León, ni a centros, instituciones, departamentos u otras unidades de investigación o entidades con sede en Castilla y León. Como referencia, se toma en consideración el que posean al menos el reconocimiento de dos periodos de actividad investigadora (sexenios), y tres periodos si participan en un comité o en calidad de coordinadores, o méritos equiparables a los requeridos para esos reconocimientos.

Como estipula el Código Ético de la Agencia, los miembros de los órganos de evaluación han de abstenerse de evaluar las solicitudes en las que participen directamente o en las que pueda producirse conflicto de intereses.