ACSUCYL evaluará las solicitudes recibidas, a través de su Comisión de Evaluación de la Investigación (CEI)  y de un Panel Científico constituido al efecto.

El Panel Científico estará formado por uno o varios expertos en el campo de conocimiento donde se insertan los resultados valorados, nombrados por la Dirección de la Agencia, de entre los funcionarios doctores de los cuerpos docentes universitarios, no pertenecientes a las Universidades de Castilla y León, que posean al menos el reconocimiento de tres periodos de actividad investigadora. 

Como estipula el Código Ético de la Agencia, los miembros de los órganos de evaluación han de abstenerse de evaluar las solicitudes en las que participen directamente o en las que pueda producirse conflicto de intereses.