La principal actividad de ACSUCYL se enmarca en el diseño de procesos y la definición de criterios para la evaluación del Sistema Universitario de Castilla y León así como la promoción y fomento de la calidad de las instituciones de educación superior en el ámbito de la Comunidad de Castilla y León.
Las principales líneas de actuación de ACSUCYL son:
La Agencia define anualmente su Plan de Actuaciones, que debe ser aprobado por su Consejo de Dirección, teniendo en cuenta las líneas estratégicas de la Agencia así como los objetivos perseguidos para ese periodo.
La Planificación de actuaciones se ha definido priorizando la necesidad de dar cumplimiento a las funciones que ACSUCYL tiene legalmente atribuidas y teniendo en cuenta los objetivos encaminados a la consecución de su Plan Estratégico.