ACSUCYL nació en 2001 como el órgano de evaluación externa del Sistema Universitario de Castilla y León.
Desde su creación, ACSUCYL ha centrado su actividad en el desarrollo de programas de evaluación de la calidad de las Universidades de la Comunidad y en impulsar los procesos que conducen a su mejora.
En 2010, mediante la Ley 12/2010, de 28 de octubre , se actualizó su régimen jurídico, adaptando la regulación de su funcionamiento y estructura a los requerimientos establecidos a nivel europeo para las agencias de calidad en el ámbito universitario.
Actualmente, ACSUCYL es miembro de pleno derecho de la Asociación Europea para la Garantía de la Calidad en Educación Superior (ENQA) y forma parte del Registro Europeo de Agencias (EQAR).