El Consejo de Dirección es el órgano colegiado de gobierno de ACSUCYL. Entre sus funciones se encuentran las de aprobar la programación anual de actividades, aprobar los presupuestos y las cuentas anuales, aprobar las memorias de actividades y determinar la estructura de personal de la entidad.
El Director de la Agencia asume la dirección de la misma y de su personal y la representación plena del Consejo de Dirección en relación con la ejecución de los acuerdos que adopte este órgano.